新三板挂牌公司主要是创新型、创业型、成长型中小微企业。随着公司数量的增加，挂牌公司在企业经营水平、交易活跃度等方面呈现出明显的差异，投资者对投资标的信息收集的工作量也相应变大，分层制度应运而生。
新三板从盈利水平、增长能力和市值规模三个维度对挂牌公司划分为创新层和基础层。主要条件有：
标准一：最近两年连续盈利，且年平均净利润不少于2000万元（以扣除非经常性损益前后孰低者为计算依据，意在防止财务操控）；最近两年加权平均净资产收益率平均不低于10%（以扣除非经常性损益前后孰低者为计算依据）。
标准二：最近两年营业收入连续增长，且年均复合增长率不低于50%；最近两年营业收入平均不低于4000万元；股本不少于2000万股。
标准三：最近有成交的60个做市转让日的平均市值不少于6亿元；最近一年年末股东权益不少于5000万元；做市商家数不少于6家；合格投资者不少于50人。（每个标准内所要求的条件必须全部满足）
符合这三个标准的其中一个，并同时满足其它对公司治理、合法合规、财务审计等方面要求的即可以进入创新层。据新三板6月24日公布的文件显示，当前创新层公司共有953家。由于新三板的挂牌公司主要是中小企业，投资者自然会将之与在主板场内交易的中小板、创业板进行比较来评价公司质地。本文依据从万得资讯取得的2015年年报数据，采用整体法（所有股票的相应数据加总计算，区别于单个计算再取平均）从盈利能力、增长能力、经营能力和估值指标四个方面进行了对比分析（如图表1）。
